当哈普斯堡皇室专注于击退土耳其人的时候，一场新的挑战出现了，这就是迅速取得了上匈牙利的德国人的和马扎尔的富豪们的支持的宗教改革。虔诚的天主教徒，哈普斯堡皇室在1699年土耳其人放弃了下匈牙利之后，精神十足地投入了罗马的反宗教改革运动（注：反宗教改革运动或称罗马天主教的改革运动（The Counter Reformation），是指在公元1545年教廷召开天特会议（The Council of Trent）之后，罗马天主教內部一个改革运动，目的是改革天主教一些腐败行为，但同時反对宗教改革；事实上，这运动就是为对抗宗教改革而发起的。）在这一地区比较古老的天主教堂里仍旧保留有那个时期加上去的巴洛克建筑的特征，它们标志着哈普斯堡皇室在这场运动中的成就。
